目前，在审计过程中发现,会计集中核算在规范会计基础工作,加强财政资金收支的管理和监督，规范财务管理和会计行为，为构筑公共财政框架、实现国库集中收付制度奠定了良好的基础。但会计集中核算也存在一定的弊端，值得引起我们的关注。
　  　一、实行会计集中核算的弊端
　  　1.会计责任主体不清，核算中心与被核算单位相互推诿，增加了审计部门审计监督难题。
    实行会计集中核算制以后，审计部门与被审计单位之间出现了“中间人”——核算中心，核算中心与被审计单位之间可能就一些会计责任问题出现真空。如果出现会计财务处理差错、单位会计信息失真、违法经济事项等问题，被核算单位认为本单位没有账户及会计人员，不再承担会计责任，因此在追究会计责任时很难界定双方的责任大小，形成单位与中心相互推诿责任的现象，使得资料提供、具体询问、责任认定难度加大。
　  　2.会计监督职能没有得到充分发挥。
    实行会计集中核算后，一名会计人员往往要兼任多个单位财务，甚至有的单位报账员将手工记账凭证做好以后，会计人员只承担审核后录入电脑记账的工作，核算中心成了记账机器，对各报账单位的业务事项知道甚少或根本不知道。会计人员对单位报来的发票只要手续齐全就予以入账，无法判断经济事项的真实性、合法性，会计的预测、分析、监督职能无法发挥。
       3、报账手续繁琐影响资金使用效益。
    会计集中核算对资金支出的审批权、控制权、监督权高度集中，报账手续繁琐，以致单位报账员天天跑中心，常常出现核算中心柜台和指定银行拥挤不堪的局面，单位报账员为一笔经济业务排队等侯几小时的事情常有发生，导致工作效率低下，影响了资金使用效益。
　  　二、完善会计集中核算的对策
　  　1.建立健全法律法规体系，明确会计责任主体。
         立法部门应尽快根据实际制定有关会计集中核算的法规文件，使会计集中核算有法可依，明确被监督对象的主体和应该承担违法违规行为的法律责任，以及会计核算中心附有的监督连带责任，保障会计集中核算制度规范运行。
        2、强化核算中心的监督管理职能，从核算记账型向管理监督型转化。
      核算中心的职能要改变重核算，轻监督，轻管理，从核算型向管理型转化，彻底扭转将会计中心视作单纯的核算机构的观念。加强预算资金支付的事前控制，会计中心会计在收到预算单位支付申请后应确定是否可以支付（即是否符合有关政策规定），如何支付（即从何指标中支付、列支何科目），然后才可以通知国库和银行付款。做到真正从源头上预防腐败，加强廉政建设。还要处理好监督和服务的关系，做到服务与监督并重，寓监督于服务之中，只有服务到位，才能监督到位，只有提高会计工作质量才能提高监督水平。
        3、建立单位信息化联网系统，建立网络报账和远程查询系统操作平台。
        要与财政局、核算中心、被核算单位、国有资产管理部门以及政府采购部门建立信息化联网系统，把预算指标控制、用款计划控制、财务报账、财务报表、异地查询等工作全部在网上实现，减少单位报账员往返单位、财政局、银行的时间，提高工作效率。